Há várias oportunidades disponíveis para os profissionais formados em Agrotecnologia, uma vez que há grande interesse do setor em otimizar os processos do agronegócio e ampliar a eficiência a partir das novas tecnologias. Sendo assim, o profissional em Agrotecnologia pode trabalhar em propriedades rurais; associações e cooperativas rurais; organizações não governamentais (Ongs); empresas do agronegócio; órgãos governamentais, como agências de fiscalização; universidades e institutos de pesquisa.